提交申请阶段
选定合规认证机构：需挑选经国家认监委批准、具备军工体系认证资质的机构，部分机构还支持国军标与装备承制资格联合审查，可缩短办理周期。
备齐材料并提交：准备《武器装备质量管理体系认证申请书》、营业执照、内审及管理评审报告、军品订单或军方推荐意见书等材料，涉密企业还需补充保密资质证明和保密设施检测报告，所有文件加盖公章后提交至认证机构。
签订认证合同：认证机构审核材料无误、确认符合受理条件后，双方签订合同，明确审核范围、时间、费用等关键事项。
分阶段认证审核阶段
阶段审核：审核组先开展文件评审，核查体系文件是否贴合 GJB9001C 标准，尤其关注军工条款的落地情况；再进行初步现场走访，了解企业基本运营状况，确认是否具备开展第二阶段审核的条件，同时可能与军方用户座谈了解产品相关情况。
第二阶段审核：通常在阶段问题整改完成后 4 个月内开展，属于的现场审核。审核组会深入生产车间、保密室等场所，核查涉密管理、关键工序控制、产品追溯性等情况，抽查各类记录凭证，并验证双归零报告等文件的真实性，确认体系运行的有效性。若审核发现问题，会开具一般或严重不符合项通知。
认证后维护阶段
获证后每年需接受 1 次监督审核，保障体系持续合规；证书到期前 6 个月，需申请再认证审核，审核流程与初次认证类似，通过后可换发新证书，若未通过监督审核或再认证，证书可能被暂停或撤销。
特殊场景附加材料
涉密相关材料：涉密企业需准备保密资格证书、保密管理制度及培训记录、涉密载体管理台账，若涉及多个军方用户还需提供密级建议书。
专项领域材料：软件企业需补充双软认定、软件测试证书、配置管理记录等；涉及特种作业的，需提供特种作业人员操作证及员工岗位能力清单、培训考核记录；同时可准备不合格品处理单、客户投诉处理报告等，佐证质量管控能力。