生物除臭原理是利用微生物将臭味物质的有机物质降解成无害无臭的物质，微生物在氧气和水保证其自身活性的前提下，利用其基础代谢和消化分解的功能在体内消除发臭物质，来实现净化臭气目的。
生物除臭的三个步骤为：
1、混合过程：先将微生物进行筛选，然后分离出具可降解臭气的，并将微生物放置在恶臭气体的周围，微生物会吸附溶于水的恶臭气体。
2、吸附过程：溶于水的恶臭气体会被微生物所吸附，甚至被微生物吸附吞噬。
3、转化过程：微生物将溶于水的恶臭气体吸入体内并将其作为“食品”进行消化分解，今儿将其转化成无害或低害物质，完成整个生物除臭的过程。