洁净区
（1）洁净室内表面平整、光滑、无脱落物，墙角应弧形，有防尘、虫、污设施。
（2）人和物进入洁净室应有双层窗。门向洁净度高一侧开。应该设置门。
（3）人流、物流分开并固定路线。
（4）水、电线路暗敷。管道及风口与顶棚连接处密封，电气管路、墙上电器与墙体连接处密封，吸顶灯与顶棚连接处密封。
（5）操作台台面不应用木头、油漆面，应易清洁。
工程设计不合理
这种现象比较少见，主要是在一些小型的净化级别要求不太高的洁净室建造上。现在净化的竞争比较激烈，一些施工单位为了获得工程，在投标中给出了较低的报价。在后期施工中，利用一些单位不太懂行的情况，偷工减料，使用功率较低的空调通风压缩机组，使送风功率与净化面积不匹配，导致洁净度不合格。
送风管或过滤器密封不好
这种现象是施工粗糙造成的，在验收时会表现出在同一系统中某个房间或局部不合格，改进的方法是，送风管采用漏光试验法检漏，过滤器用粒子计数器对过滤器的断面、封胶、安装框架进行扫描，找出泄露位置，精心密封。
合理的气流组合
洁净实验室内的主要工作区处于洁净空气的上游方向，使得工作区域保持洁净状态。洁净室气流有层流（单向流）和乱流（非单向流）两个基本形式。层流洁净室自净能力强，涡流少，易保持洁净度；乱流洁净室涡流多，粒子在室内停留时间长，不适合高洁净度实验室。