医院目前有沈河、和平、北陵3个院区和4个派驻门诊部。沈河院区主要承载师以上首长救治、学术交流、战救及临床技能培训任务，是全院各院区医疗救治的总依托。和平院区主要承载科研教学、卫勤战备、专科患者救治，是军事医学研发、军地两用人才培训的重要平台。北陵院区主要开设康复医学科，负责伤病员术后康复任务。派驻门诊部主要承担战区机关、各军兵种、省军区等服务保障任务。各点位相对独立，又交叉融合，功能互补，形成了资源整合、功能耦合、发展聚合的部署格局。
作为“全国健康咨询及就医指导平台”的官方网站，挂号网通过号源托管、HIS直连、搜索链接三种方式聚合了全国超过400家重点三级医院的预约挂号资源，建立了全国三级医院22万名医生的专长库，帮助全国用户“找对医生挂到号”。
“全国健康咨询及就医指导平台”启动两年来，已成功为全国超过1200万用户提供了预约挂号、就医指导、健康咨询服务，成为了全国规模的医疗健康服务平台。
2018年7月1日，黑龙江省卫生计生委发出通知，要求全省各级医疗机构均实行实名制挂号就诊。
预约手术：预约指定专家手术，与专家充分沟通，并有专家术后康复方案，给患者生命更多保障。 就医咨询：专业医务人员结合患者病情，给出就医及康复指导。
通道
提供网上预约挂号、电话预约挂号、短信预约挂号、手机上网预约挂号和终端机预约挂号等五种通道。
流程说明
①注册(初次使用)→②用户登录→③查找并选择医院、科室、专业、专家→④可预约（挂号）→
⑤选定时间、时段→⑥预约挂号成功(按所预约时间、医院就诊)